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Obwohl die Mark Nebenland für den in Franken residierenden Albrecht blieb, konnte er 1482 Gebiete um die Städte Krossen, Züllichau, Bobersberg und Sommerfeld in der Neumark erwerben, die allerdings bis 1742 Lehen der böhmischen Krone blieben. Mit der "Dispositio Achillea" 1473 trennte er die Mark Brandenburg von seinen übrigen Herrschaften ab und übertrug diese seinem Sohn und Nachfolger in der Mark Johann Cicero, der nunmehr hauptsächlich in der Mark lebte. Johann Cicero führte 1488 gegen den Widerstand der Städte und des Brauereigewerbes die Biersteuer ein. Es gelang 1493 die Lehensherrschaft über Pommern zu gewinnen. Der Nachfolger, Joachim I. gründete 1511 die Universität in Frankfurt (Oder) als damaligem humanistischen Zentrum in der Mark. 1524 fiel die Herrschaft Ruppin nach dem Aussterben der Grafen von Lindow an Brandenburg. Es wurden die letzten Raubritter in der Mark besiegt. Joachim erließ eine Städteordnung und richtete das Kammergericht als oberste Instanz in Brandenburg ein. Er blieb dem katholischen Glauben treu, obwohl das Land bereit für Luthers Reformen war.
Johann Georg konnte 1575 die Herrschaft Storkow-Beeskow erwerben. Er führte eine neue Kirchen-, Konsistorial- und Schulordnung in Brandenburg ein. 1599 legte der Kurfürst Joachim Friedrich im Geraer Hausvertrag die Unteilbarkeit und die Primogenitur in der Mark fest. Er ließ die ersten Bruchlandsiedlungen (Netzebruch) errichten, bildete als zentrales Regierungskollegium den Geheimen Rat und errichtete in Joachimsthal eine Fürstenschule. 1605 wurde er zum Administrator des Herzogtums Preußen bestellt. 1609 erhält der Kurfürst Johann Sigismund, der mit der ältesten Tochter Albrecht II. (von Preußen) verheiratet , die Vormundschaft über Albrecht II. Im Jahre 1611 wird der Kurfürst Johann Sigismund förmlich mit Preußen belehnt. 1613 trat er zum Calvinististen Glauben über, was Proteste unter den Ständen und Städten hervorrief. Der Lutherische Glauben wurde als gleichberechtigt akzeptiert. Aus dieser Zeit stammt die Toleranz in Glaubensfragen. 1614 erhält Brandenburg in Folge des Jülich-Klevischen Erbfolgestreites Kleve, Mark, Ravensberg und Ravenstein zugesprochen. 1618 fällt das Herzogtum Preußen nach dem Tode von Albrecht II. an Brandenburg. Aus dem Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) konnte sich Brandenburg anfangs heraushalten. Während des Krieges brechen in Brandenburg mehrere große Epidemien aus : Ruhr (1624), Pocken (1625), Ruhr (1626), Pest (1626), Pocken (1628), Pest (1630/31), Pocken (1643), Pocken (1648). Kurfürst Georg Wilhelm betrieb eine Schaukelpolitik zwischen Österreich und Schweden, aber ohne eigenes Heer wurde Brandenburg gerade deshalb ab 1626 zum Hauptkriegsschauplatz. Kein Land hat unter dem Dreißigjährigen Krieg so gelitten wie Brandenburg. 50% der Bevölkerung war umgekommen. Die Niederlausitz wird 1635 von Kursachsen erworben.
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